جهان اسلام امروزه درگیر جنگ‌های داخلی متعددی است. نحوۀ عمل دولت‌ها و گروه‌های شورشی در این نبردها ابهامات زیادی را در خصوص مقررات جنگ بین مسلمانان ایجاد کرده، و دربارۀ وجود چنین مقرراتی در اسلام تردید‌هایی شکل گرفته است. ازسوی‌دیگر، تاریخ سیره و نحوۀ عملی را از امام علی† در سه جنگ داخلی به‌ثبت رسانده است که نشان می‌دهد اصول و قواعدی دراین‌زمینه وجود دارد. بنابراین، مسئلۀ ما اصول و قواعدی است که امام علی† در جنگ‌های داخلی رعایت می‌کرده‌اند. پس سؤال این مقاله این است که اصول و قواعد حاکم بر رفتار با شورشیان اسلام در جنگ‌های داخلی براساس سیرۀ امام علی† چه می‌باشند؟  این سؤال را با روش تحقیق کیفی و با استفاده از تحلیل و تفسیرهای تاریخی، فقهی و حقوقی پاسخ داده‌ایم  و برای این منظور، سه جنگ جمل، صفین و نهروان را به‌عنوان مطالعۀ موردی، تحلیل کرده‌ایم. یافته‌های اجمالی این پژوهش نشان می‌دهد: اولاً تمامی امکانات باید برای حل بدون خونریزی غائله به‌کار رود و تا شورشیان برضد مسلمین یا امنیت ملی کشور اسلامی اقدام نکرده‎‌اند، باید با آنها مدارارکرد؛ ثانیاً قواعد مربوط به جنگ‌های داخلی اسلام در خصوص رفتار با  شورشیان، در مقایسه با جنگ‌های بین‌المللی اسلام متفاوت است؛ ثالثاً با بازماندگان جنگ داخلی، به‌تناسب سازمان‌یافته بودن یا نبودن شورشیان، برخورد‌های متفاوت صورت می‌گیرد.